Pada teras gusi xanthan terletak rantai polisakaridanya; tulang belakangnya terdiri daripada unit glukosa yang dihubungkan bersama melalui -1,4 ikatan glikosidik untuk membentuk rantai linear yang panjang. Struktur linear tulang belakang ini menyediakan perancah yang stabil untuk keseluruhan molekul, membolehkannya mengekalkan susunan antara molekul dan integriti struktur dalam larutan akueus. Tulang belakang yang stabil inilah yang membolehkan gusi xanthan mempamerkan kelikatan yang luar biasa dan sifat reologi yang sangat baik, walaupun pada kepekatan yang rendah. Melanjutkan daripada unit glukosa tertentu di sepanjang tulang belakang ini, molekul xanthan mempunyai rantai sisi trisakarida yang terdiri daripada mannose, asid glukuronik dan mannose. Sisa asid glukuronik dalam rantai sampingan ini mengandungi kumpulan karboksil (–COOH), yang boleh membentuk garam dengan ion logam-seperti natrium, kalium atau kalsium-dengan itu menukar asid xanthan kepada gusi xanthan. Rantai sampingan ini bukan sahaja meningkatkan struktur sterik dan keterlarutan molekul tetapi juga memberikan gusi xanthan dengan ciri bendalir bukan Newtonian; ini bermakna penyelesaiannya mempamerkan kecairan yang meningkat apabila tertakluk kepada daya kacau atau ricih, namun mengekalkan ketekalannya apabila dibiarkan berdiri.
Kumpulan karboksilat dalam gusi xanthan adalah pusat kepada fungsi molekulnya. Dengan membentuk ikatan ionik dengan ion logam, gusi xanthan memperoleh rintangan kepada asid, bes, dan garam, serta tahap kestabilan haba tertentu. Kumpulan garam ini meningkatkan kestabilan molekul dalam persekitaran berair, membolehkannya mengekalkan struktur koloidnya di bawah keadaan yang kompleks sambil memberikan pelbagai fungsi, termasuk pengemulsi, penggantungan dan penebalan. Akibatnya, gusi xanthan berfungsi serentak sebagai polisakarida polimer dan bahan berasaskan garam-yang berfungsi, memegang nilai dan aplikasi yang signifikan merentas sektor makanan, farmaseutikal, kosmetik dan perindustrian.
